evolutionary biology

A critical look at directional random walk modeling of sparse fossil data

本論文は、化石データにおける方向性進化の推定において、測定誤差が大きい場合、Hunt（2006）の一般化ランダムウォークモデルよりも重み付き最小二乗法（GLS/WLS）の方がより信頼性の高い結果を与えることを、シミュレーションおよび実データを用いて示している。

Rapid adaptation follows experimental assisted gene flow in subset of annual monkeyflower populations

この研究は、乾燥・高温の生息地から由来する個体を移動させる「支援的遺伝子流動」が、3 世代以内に半分の対象集団で遺伝子導入を引き起こし、開花時期の早期化などの形質変化を通じて適応度の向上をもたらす一方、その成否は年間の気候変動や導入方法（種子か苗か）に依存して不均一であることを示し、遺伝子希釈への懸念を軽減しつつ、気候変動に直面する保全戦略としての慎重な楽観視を支持するものです。

bifrost: an R package for scalable inference of phylogenetic shifts in multivariate evolutionary dynamics

Inferring hominin history with recurrent gene flow from single unphased genomes and a two-locus statistic

本研究は、単一の未位相化ゲノムから推定可能な二遺伝子座統計量に基づく推論枠組みを開発し、古代ホモニンの複数の遺伝子流動イベントを包括的に解明することで、ネアンデルタール人およびデニソワ人祖先における遺伝子流動の複雑な歴史と初期ヨーロッパ人農耕民の系統構造を再構築しました。

An anaerobic Legionellales symbiont in Anaeramoeba pumila

本論文は、好気性病原体として知られるレジオネラ目（Legionellales）に属する稀な嫌気性共生細菌「Candidatus Centrionella anaeramoebae」を、宿主である Anaeramoeba pumila 内で発見・ゲノム解析し、その代謝適応、宿主の細胞骨格を操作する能力、および他の Anaeramoeba 種に見られる共生胞の二次的喪失とトリパートイト共生の形成を通じて、レジオネラ目の進化における好気性病原性から嫌気性共生への転換を解明したことを報告するものである。

Long-term hybridization in a karst window reveals the genetic basis of eye loss in cavefish

メキシコテトラの自然交雑個体群を用いた研究により、カビ魚の眼退化に関与する遺伝的変異が特定され、特にレンズのギャップ結合タンパク質であるCx50の非対称性変異が脊椎動物における眼の退化の分子収束の鍵であることが示されました。

Early evolution of the prokaryotic transcription factor repertoire

本論文は、約 3,000 種のプロカリア約 50 万個の転写因子データを解析し、真核生物とは異なり原核生物の転写因子レパートリーは生命の初期段階で多様化し、その後の進化では水平遺伝子移転による既存ファミリーの再利用が支配的であったことを明らかにした。

Retention of a female-specific growth hormone receptor gene correlates with reverse sexual size dimorphism in birds

鳥類において、Z 染色体上の成長ホルモン受容体遺伝子（GHR）の W 染色体由来の第二コピー（GHR-W）が、ハヤブサやフクロウなど雌が雄より大型となる種で保持されていることが、逆性差（雌大性）の分子メカニズムとして強く相関していることが示されました。

Strong reproductive isolation among sympatric lineages of an international mosquito pest

オーストラリアの病媒蚊*Aedes notoscriptus*において、国際的な侵入の源となった系統とシンプトリックに生息する別の系統の間で、交雑の抑制や大規模な構造変異などによる強い生殖的隔離が確認された。

Polygyny carries costs in both sexes in Trinidadian guppies

トリニダードグッピーを用いた実験により、複数のメスと交尾するオスは長期的にはより多くの子孫を残せるものの、妊娠開始の遅延や初期の繁殖失敗リスクの増大といったコストも生じることが示され、性選択の強さは両性でより類似している可能性が指摘された。

Competition among freshwater clades explains cave colonization in blind cavefishes

この研究は、現生種系統樹から種間競争の痕跡を抽出する新しい手法を開発し、北米の盲魚が他の淡水魚（特にダーター類）との生態的競争によって洞窟への進出を繰り返したことを示すことで、古生物学的証拠に依存しないマクロ進化における種間競争の検証枠組みを提供しました。

The Monophyly of Nycteria and Polychromophilus Parasites A Missing Piece in the Evolution of Malaria and Other Haemosporida

本研究は、ほぼ完全なミトコンドリアゲノムと核遺伝子データを用いた系統解析により、コウモリに特異的なマラリア原虫属である Nycteria と Polychromophilus が単系統群を形成し、コウモリの進化史と整合的な分岐年代を持つことを明らかにし、これらがハエモスポリダの進化において重要な位置を占めることを示唆しています。

Lateral gene transfer introduced the microbial anaerobiosis-related gene rquA into early animals

この研究は、淡水スポンジが微生物から水平伝播によって「rquA」遺伝子を獲得し、低酸素環境への適応を可能にするロドキノン代謝を動物として初めて獲得したことを示しています。

Re-evaluating the eukaryotic Tree of Life with independent phylogenomic data

本研究は、従来のデータセットと大幅に重複しない独立した大規模な phylogenomic データを用いて真核生物の系統樹を再構築し、主要なスーパーグループの多くを支持しつつも Telonemia や Ancyromonadida などの系統位置に新たな知見をもたらした。

A reassessment of positive growth effects of expressed random sequence clones in E. coli

本論文は、大腸菌におけるランダム配列クローンの発現が、クローン混合物やベクター由来のアーティファクトではなく、実際に細胞の適応度を高める機能的な新規遺伝子の創出を示す証拠であることを、厳密な競争成長実験を通じて再評価し実証したものである。

Mothers face immediate, but family-size dependent, costs of sons in preindustrial Finland

先工業化時代のフィンランドのデータ分析により、母親の生存率は家族の規模が大きくなるほど息子が多いほど短期的に低下し、これは息子を育てる累積的な生理的コストを示唆していることが明らかになりました。

Lineage-Specific Venom Gene Expression Shapes Chemical Diversity in Cephalopods

本論文は、イカやコウイカなどの十腕類に特異的な「deca-ctx」という新たな毒遺伝子ファミリーを同定し、その進化的起源、分子的多様性、および毒腺における局在を多角的に解明することで、これまで孤立した毒タンパク質と考えられていた SE-CTX が、実際には化学的・進化的に多様な毒システムの一部であることを示した。

Transcriptomic insights into triploid seed failure in Arabidopsis arenosa natural populations

本研究は、自然集団における Arabidopsis arenosa の三倍体種子の失敗メカニズムを解明し、親由来のゲノム不均衡による印字遺伝子の異常発現と、種を跨いで共通する胚乳・種子皮における細胞間シグナリング関連経路の誤調節が「三倍体ブロック」の分子基盤であることを初めて示した。

Social immunity as a driver of life-history evolution in eusocial species

この論文は、寄生虫の性質（有害か無害か）がコロニー内の病原体制御戦略を決定し、それがアリやハチなどの真社会性生物における女王と働き者の寿命差、あるいはナマケモノのような全個体の老化無視という多様な生活史進化を駆動する要因であると説明する疫学モデルを提示しています。

Reproductive morph specialisation facilitated by a maternal sex-determining region in a fungus gnat (Bradysia coprophila)

この論文は、母性遺伝的性決定を持つキノコバエ（Bradysia coprophila）において、X 染色体の逆位によって決定される雌の生殖形態（全雌産生型と全雄産生型）が、生活史形質や遺伝子発現プロファイルにおいて適応的に分化していることを明らかにし、この特殊な繁殖システムが性染色体進化や性二形の原則を拡張する手がかりとなることを示しています。